در این بخش ها بر روی نمونه های مختلف از جمله سرم و پلاسما آزمایشاتی به روش های مختلف از جمله الایزا، گاما، الکتروکمی لومینسانس و فلوئور سانس انجام‌می شود.
اكثر تست‌هاي بخش هورمون شناسي به روش ECLIA توسط دستگاه الکتروکمی لومینسانس Cobas E411 ساخت آلمان سنجش مي‌گردد. لازم بذکر است اين روش آزمايشگاهي جزء اختصاصي‌ترين و حساس‌ترين و يكي از آخرين متدهاي اندازه‌گيري سطح هورمون در دنياست. كيت‌هاي مربوط به اين روش آزمايشگاهي به شكل انحصاري در اختيار كمپاني Roche آلمان مي‌باشد .حساسيت، تكرارپذيري، دقت و صحت اين روش قابل مقايسه با ساير روش‌هاي آزمايشگاهي نيست به همين علت مورد اطمينان و تاييد اكثر پزشکان و متخصصين مجرب مي‌باشد.
این بخش در حال حاضر مجهز به کمیلومینسانس cobas e411 ساخت شرکت ROCH آلمان ، الایزا STAT-FAX 4200 ساخت آمریکا ، ایمنولایت ساخت شرکت Seimense آلمان و اینموفلورسانس VIDAS فرانسه بوده و بررسی بیماری های مربوط به هورمونهای تیروئیدی، تومورمارکرها، هورمونهای جنسی ( اختلالات جنسی- اختلالات پریود و نازائی و...)اختلالات رشد(کوتاهی قد),تشخیص بارداری در کوتاهترین زمان انجام می پذیرد.
جهت بخش هورمون شناسي نيز همانند ساير بخش‌هاي اين آزمايشگاه برنامه‌هاي كنترل كيفي جامع و مداومي براساس الزامات آزمايشگاه مرجع سلامت و استانداردهاي بين‌المللي مورد تاييد ايشان، تدوين گرديده، طرح‌ريزي اين برنامه باتوجه به تعداد و تنوع آزمايش‌ها، روش‌هاي سنجش و همين‌طور دستگاههاي موجود در بخش هورمون شناسي صورت گرفته است و بطور مداوم توسط مسئول بخش كنترل كيفي اجرا و نظارت مي‌گردد.