در این بخش حدود 100 نوع آزمایش انجام می گردد که این آزمایشات بر روی نمونه های خون، ادرار و مایعات مختلف نظیر مایع نخاع، مایع پلور و ... می باشد.
اكثر آزمايش‌هاي مربوط به اين بخش بلافاصله پس از نمونه‌گيري توسط واحد تفكيك نمونه جداسازي شده و تحويل بخش بيوشيمي داده مي‌شود، تا از اُفت آناليت‌هاي خوني جلوگيري شود. اين امر سبب گرديده كه قابليت پذيرش آزمايش‌هاي اورژانسي در هر ساعتي از روز امكان‌پذير باشد اين روند به صورت مداوم و منظم در بخش‌هاي آزمايشگاه اجرا مي‌گردد.
در این بخش نمونه ها از نظر بیماری های دیابت (قند)- کلیه - اختلالات چربی- اسید اوریک - مشکلات کبدی (آزمایشهای کبدی) - اختلالات الکترولیتی (Na) و (K)و سایر اختلالات بیوشیمیایی تجزیه و تحلیل می گردند.
آزمايش‌ها در بخش بيوشيمي توسط چند دستگاه پیشرفته از قبیل اتوآنالایزهای Mindray BS800، BT3000 و دستگاههايISE ایزی لایت و Certium، اپندورف ECOM 6125 ، نفلومتر ، نایکوکارد ، دستگاه گاز خون و .... انجام مي‌شود.
این بخش مجهز به دستگاههاي مدرن و مجهز كامپيوتري مي باشد كه با حضور كادر مجرب و كارشناس ، استفاده از سرم كنترل هاي داخلي و خارجي و شركت در برنامه هاي كنترل كيفي خارجي و داخلي، با توجه به حجم كاري و تنوع آزمايش‌ها و روش‌هاي انجام آنها در نظر گرفته شده كه به صورت روزانه، هفتگي و ماهانه توسط مسئول كنترل كيفي، كارآيي خوبي از خود نشان داده است.
اندازه گیری گازها خون ، دستگاه مخصوصی به همین نام وجود دارد. این دستگاه برای اندازه گیری گازهای خونی شامل دی اکسید کربن، اکسیژن، بیکربنات ، PH و بیش از 20 پارامتر دیگر به کار میرود.